极其复杂的增值税税制外加现在税务机关大力推进的进项留抵退税工作，使一些企业（也包括税务机关自身）增加了额外的风险。
A公司将自有房屋出租给B公司，A公司会按月向B公司收取相应的电费（价10万元，税1.3万元），未开具发票，只开具了收据；同时，A公司将本企业所消耗电力的费用一起交给电网公司。电网公司收取A公司电费时（其中含有B公司电费），会向A公司开具增值税专用发票，A公司取得发票入账后，正常认证。由于A公司一直销项小于进项，所以，电费发票的进项税额形成留抵税额。B公司凭A公司收到的电网公司发票、收据及分割单入账。A公司按现行规定申请了留抵退税（包括B公司所消耗电力对应的进项税额）。
甲物流公司，名下有运输车辆，运输车辆实际上是由个体司机出资购买，挂靠在物流公司名下，购车款以往来的形式入账，会计处理：收到款项，借记银行存款万元，贷记其他应付款-张三司机万元；购买车辆，借记固定资产-运输车辆万元借记进项税额13万元，贷记银行存款万元（暂不考虑其他税费）。甲公司按现行规定申请了留抵退税（包括实际上是个人出资的挂靠车辆的进项税额）。
现行增值税税制的复杂表现为，多档税率，多种计税方式，部分进项税额不可抵，土地价款抵减销售额，庞杂的税收优惠，出口免抵退与免退，抵扣凭证形式复杂，再加上进项贸抵退税！
个人认为，在当前纳税遵从度依旧存在不少问题的情况下、在当前各类业务形式极其复杂的情况下，增值税税制亟待简化！
